Etude comparative du transcriptome de tumeurs cérébrales (glioblastomes) en relation avec leur capacité invasive
Référent: M. Mesnil avec N. Defamie et B. Vannier Laboratoire: CoMeT (GRD), Université de Poitiers
Résumé du projet: Les glioblastomes sont les tumeurs cérébrales primaires malignes les plus répandues chez l’adulte. Elles se caractérisent par la présence de cellules invasives capables de disséminer depuis la tumeur elle-même jusque dans le tissu cérébral. Ces cellules infiltrées, résistantes à la radiothérapie et à la chimiothérapie, sont responsables, après chirurgie, d’une récurrence létale durant les 15 mois suivant le diagnostic. Afin d’élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans l’apparition du caractère invasif, avec l’entreprise Nanostring Technologies (Seattle, USA), nous avons élaboré une base de données de transcrits du génome entier (18.000 gènes) in situ sur différents emplacements (nécrotique, invasif, proliférant) d’un glioblastome de meilleur pronostic (porteur d’une mutation IDH–) comparativement à un glioblastoma de mauvais pronostic (IDH+).
Le projet consistera à comparer les niveaux d’expression de protéines d’intérêt étudiées dans le laboratoire dans les différentes zones de la tumeur (nécrotique, invasif, proliférante) et en lien avec les protéines connues pour être impliquées dans le contrôle du processus invasif et donc de la létalité due au glioblastome. Les données sont accessibles sur un site hébergé par Nanostring Technologies et peuvent être traitées avec différents programmes permettant leur comparaison quantitative par différents modes de présentation.
L’objectif de cette étude est d’identifier les acteurs (protéines) et voies de signalisation impliquées dans le contrôle du processus invasif du glioblastome. Une telle identification permettrait d’élaborer de nouvelles cibles thérapeutiques visant à éliminer spécifiquement les cellules invasives du glioblastome afin de réduire sa létalité.
Projets M2
Mise en place d’une analyse du lien phénotype / génotype sur des données d’exomes
Référents: Frédéric Bilan et Quentin Riché-Piotaix
Laboratoire: Laboratoire de génétique biologique du CHU de Poitiers
Résumé du projet :
Nous souhaitons développer un axe de travail autour du lien phénotype / génotype sur une cohorte d’exomes existant, puis potentiellement en analyse de routine. Nous voudrions mettre en place une solution pour que les généticiens cliniciens puissent saisir les grandes caractéristiques de leurs patients, puis que nous puissions les réutiliser dans la phase d’interprétation des résultats pour prioriser les variations dans les gènes correspondant le mieux au phénotype. Des logiciels de corrélation phénotype / génotype existent déjà (Exomiser, Phen2gene), il faut eventuellement compléter cette liste et choisir le plus adapté pour être le moteur de cette analyse. Enfin, les résultats devront être reformulés et associés aux autres sorties d’analyses pour être interprétable ensemble.
Il y a donc trois grandes phases à ce projet : le développement d’une interface permettant aux généticiens de saisir les caractéristiques phénotypiques de leurs patients, l’intégration d’un outil existant de corrélation phénotype / génotype, et enfin la présentation des résultats et leur réintégration dans les sorties d’analyses classiques. Les choix de technologies sont relativement libres, dans la mesure ou celles-ci s’intègrent à l’environnement de travail existant.
